提到DNA連接酶,大家第一反應(yīng)都是T4 DNA連接酶(參見探秘T4連接酶:基因的“分子縫合針”)。但其實(shí)DNA連接酶還有很多類型,分別針對(duì)不同的DNA模板,發(fā)揮不同的作用。今天,我們就來了解另一種重要的DNA連接酶——高保真Taq DNA連接酶。
Taq DNA連接酶來源于嗜熱菌,以NAD為輔助因子,主要功能是連接DNA雙鏈上切刻(nicking)缺口,而不是雙鏈之間的缺口,因此Taq DNA連接酶不是T4 DNA連接酶的替代品。Taq DNA連接酶要求切刻兩側(cè)的兩條DNA鏈與互補(bǔ)靶DNA鏈完全配對(duì),且切刻缺口上不能有缺失的堿基。連接產(chǎn)物可以通過毛細(xì)管電泳、熒光定量PCR或高通量測(cè)序等手段來進(jìn)行分析。Taq DNA連接酶尤其適用于依賴于缺刻連接的分子診斷反應(yīng),例如連接酶檢測(cè)反應(yīng)(LDR)、多重連接依賴式探針擴(kuò)增(MLPA)等。
但是,普通Taq DNA連接酶的保真度有限。當(dāng)缺口處存在錯(cuò)配的情況下,普通Taq DNA連接酶的連接效率仍然偏高,容易出現(xiàn)假陽性結(jié)果。為了解決這個(gè)問題,愚公生物通過突變改造,獲得了高保真的HiFi Taq DNA Ligase,大幅降低了錯(cuò)配的連接率。
每行為不同的單鏈底物,每列為缺口連接處序列不同的探針。分別用HiFi Taq DNA Ligase和普通Taq DNA Ligase在55℃下反應(yīng)30 min后檢測(cè)連接產(chǎn)物。結(jié)果表明,當(dāng)連接處存在錯(cuò)配時(shí),HiFi Taq DNA Ligase的連接效率顯著低于普通Taq DNA Ligase,表明HiFi Taq DNA Ligase的保真度更高。
與進(jìn)口高保真Taq DNA連接酶相比,愚公HiFi Taq DNA Ligase的保真度也不遑多讓。采用類似的方法檢測(cè),愚公HiFi Taq DNA Ligase在大多數(shù)錯(cuò)配位點(diǎn)上的表現(xiàn)都優(yōu)于進(jìn)口產(chǎn)品。
多重連接依賴式探針擴(kuò)增(Multiplex ligation-dependent probe amplification, MLPA)是2002年出現(xiàn)的一種中通量的分子診斷技術(shù),可以同時(shí)檢測(cè)數(shù)十個(gè)基因組DNA位點(diǎn)的拷貝數(shù)目變化(CNV)或單核苷酸多態(tài)性(SNP),其檢測(cè)尺度可以從單堿基到整條染色體,還可以用于檢測(cè)DNA甲基化。因此,MLPA被廣泛應(yīng)用于遺傳學(xué)研究和臨床診斷領(lǐng)域,其中的核心工具酶就是高保真DNA連接酶。
有客戶詳細(xì)對(duì)比了多種高保真Taq DNA連接酶在MLPA檢測(cè)中的實(shí)際表現(xiàn),愚公HiFi Taq DNA Ligase的綜合性能顯著優(yōu)于某進(jìn)口產(chǎn)品。