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聊聊合成生物學(一)——什么是合成生物學

發(fā)布時間:2024-08-30 發(fā)布人:
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       合成生物學是一個新興的交叉學科,融合了生物學、工程學、信息學等多個學科,2024年1月被列入國家重點推動的未來產業(yè)。合成生物學的目的是設計和構建新的生物部件和系統(tǒng),或者重新設計已有的天然生物系統(tǒng),從而能夠實現自然界中并不存在的功能。通俗地說,就像小朋友搭樂高一樣,把DNA元件當做樂高積木塊,組裝產生新的功能,甚至新的生命體。

       從產業(yè)角度來看,合成生物學就是以生物基材料替代化石基材料(石油、煤炭等),以生物技術路線替代傳統(tǒng)化工技術路線。想象一下,讓細菌自己生產藥物,在細胞內直接合成各種材料或能源,讓微生物或者植物來降解污染……聽起來就很酷炫。

合成生物學的核心策略

       合成生物學怎么做到這一切呢?它采取的核心策略稱為DBTL——即“設計-構建-測試-學習”的循環(huán)。

01 設計(Design)

根據已知的生物學知識,規(guī)劃設計基因和代謝通路,就像規(guī)劃樂高積木的圖紙。這個過程中通常需要用到信息學的技術,來預測生物系統(tǒng)的行為。

02 構建(Build)

包括基因合成、基因編輯、基因組裝和遺傳轉化等過程,將設計好的基因導入到細胞中,構建出新的“細胞工廠”。

03 測試(Test)

確認構建出的“細胞工廠”能夠正常工作,測試“細胞工廠”生產的產品是否符合我們的要求。這里涉及到發(fā)酵工程、分析測試技術、高通量篩選技術等平臺。

04 學習(Learn)

利用信息學技術,對測試數據進行分析學習,根據分析結果修正和優(yōu)化原有的設計,開始新的DBTL循環(huán)。

 

       通過連續(xù)迭代優(yōu)化,最終實現理想的性能。DBTL其實是工程學研究的套路,研究者將這個套路用在合成生物學上,希望能用工程的方法創(chuàng)造更多可能。

 

合成生物學與傳統(tǒng)生物學的區(qū)別

       合成生物學起源于傳統(tǒng)生物學,但也有明顯區(qū)別。我們熟知的分子生物學、生物化學、細胞生物學等理論學科,關注的是描述和理解生命的基本過程,側重于“自上而下”的理論研究。而合成生物學是用工程的方法論去做研究,重點是模塊化、標準化和可預測性,類似于工程學中的設計和建造過程,更側重于“自下而上”的應用導向。而與以往的生物技術相比,合成生物學的方法論更為明確,對定量可控的要求更高。

       正因為存在這樣的差異,雖然大多數合成生物學上游原料酶與分子生物學工具酶品種相同,但合成生物學原料更加強調標準化、模塊化和工程化,對穩(wěn)定性、級聯反應兼容性、批次間差異等指標更為敏感,對生產企業(yè)的研發(fā)能力、生產規(guī)模、質量管理也提出了更高的要求。

       愚公生物面對國內合成生物學產業(yè)對上游原料的迫切需求,經過多年積累,目前已成為國內DNA/RNA工具酶品種最為齊全的供應商。未來愚公生物將進一步深入理解合成生物學對原料的特殊要求,努力為為中國合成生物學行業(yè)提供更多優(yōu)質、經濟、使用方便,且擁有自主知識產權的原料酶產品。

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